吴都阖闾城遗址是江南地区规模最大的早期王都遗址，曾入选2008年全国十大考古新发现。由于遗址地处太湖之滨、风景绝佳，博物馆设计构思强调保护遗址本体及其所处自然环境，在此基础上推进遗址与周边历史及景观资源的整合，以期最大程度的发挥遗址本身所具有的文物与社会价值。
独特的选址理念
建筑选址以“建筑修补山体”为理念，巧妙利用场地废弃的采石场山体缺口布置建筑主体，最大程度的减小建筑对现状自然环境的侵扰。竖向展开的博物馆布局也在一个较高的地形上突出了建筑布局与阖闾城遗址以及太湖景观的空间与视线联系。选址理念对环太湖地区的自然环境保护具有重要的示范意义。
新型的博物馆功能模式
按照资源综合集约利用的原则，配置以经营性用房为主的学术交流中心，实现“以馆养馆”的新型博物馆运营模式。同时合理配置各类设施，使得博物馆各种功能相对分区布置，其间又能保证便捷的联系。
顺应地形的竖向设计
妥善利用基地现有的地形起伏，精心组织不同高程的竖向设计。主入口广场顺应现状地形从4米缓缓过渡到8米。在宕口底部13.5米标高布置文物库房和停车库，在17.5米标高组织博物馆主要入口。这样的空间序列为公众参观博物馆建立了必要的心理储备，使公众怀着期待的心情走向高处的博物馆。
人性化的步行系统创建
精心组织穿越博物馆建筑屋顶的公众登山流线，有效整合了场地现有景观和历史文化遗存，成功的将遗址本体、太湖景观整合在博物馆的参观体验之中，给观者带来强烈的震撼，为城市公共活动提供了重要场所。
开放融合的环境设计
在场地内布置了大面积集中绿地和水面，尽最大可能保护基地内原有的山体和古树名木。建筑则通过屋顶的覆土绿化成为公园的延伸，在整体上构建出一个开敞的博物馆形态，极大地丰富了太湖沿线景观。
寓意深刻的造型设计
建筑外形以一个有着生命寓意的破裂蛋壳来寓意阖闾城遗址重见天日所获得的永久新生，蛋壳形体的开口方向面对着阖闾城遗址，暗示着这里是吴文化的源头。
